原告（反訴被告）：武漢市土地整理儲備中心，住所地武漢市江岸區(qū)三陽路55號A座。
法定代表人：陳明寶，該中心主任。
委托訴訟代理人：鮑瑋、王芳，湖北卓勝律師事務(wù)所律師，特別授權(quán)代理。
被告（反訴原告）：武漢國信房地產(chǎn)發(fā)展有限公司，住所地武漢市東西湖區(qū)張柏路1號（9）。
法定代表人：印濤，該公司董事長。
委托訴訟代理人：魯軍鋒，湖北津廷律師事務(wù)所律師，特別授權(quán)代理。

原告（反訴被告）武漢市土地整理儲備中心（以下簡稱土地中心）與被告（反訴原告）武漢國信房地產(chǎn)發(fā)展有限公司（以下簡稱國信公司）合同糾紛一案，本院于2015年7月13日立案受理，后作出（2015）鄂漢陽民一初字第00413號民事判決書，土地中心不服判決提起上訴，武漢市中級人民法院以（2016）鄂01民終3874號民事裁定書裁定撤銷原判發(fā)回本院重審。本院于2016年11月7日立案后依法另行組成合議庭，于2017年1月10日由審判員葉凌芳擔(dān)任審判長，與人民陪審員周洪元、楊官木組成合議庭，公開開庭進(jìn)行了審理后，又于同年5月17日由審判員葉凌芳擔(dān)任審判長，與人民陪審員周洪元、李曉霞組成合議庭，再次公開開庭進(jìn)行了審理。土地中心的委托訴訟代理人鮑瑋、王芳、國信公司的委托訴訟代理人魯軍鋒均到庭參加訴訟。本案現(xiàn)已審理終結(jié)。
土地中心向本院提出訴訟請求：1.請求判令被告向原告返還多支付的定向開發(fā)小戶型普通商品房購房款共計人民幣1261.1347萬元；2.請求判令被告以日萬分之一為標(biāo)準(zhǔn)向原告支付截止于全部清償完畢之日止的逾期付款違約金；3.請求判令被告就尚未對外進(jìn)行銷售定向開發(fā)小戶型商品房（房號9-2-0102，建筑面積80.99平方米）與原告簽訂《武漢市商品房買賣合同》，并協(xié)助原告辦理權(quán)屬變更登記手續(xù)；4.請求判令本案訴訟費用由被告承擔(dān)。事實和理由：2007年12月19日，原、被告就位于漢陽區(qū)××號“國信馨園”小戶型普通商品房項目的定向開發(fā)事宜簽訂《定向開發(fā)小戶型普通商品房項目協(xié)議書》一份，協(xié)議約定原告按3534.58元每平方米的均價向被告定向購買“國信馨園”小戶型普通商品房387套，該小戶型普通商品房由被告向原告指定的被拆遷人進(jìn)行交付，其中被拆遷人按實際銷售價格向被告所交納的實際購房款一并計入原告應(yīng)向被告支付的定向開發(fā)商品房總房價款內(nèi)；此外，協(xié)議亦對定向開發(fā)銷售價格、付款方式、結(jié)算條件及違約責(zé)任等作出明確約定，其中包括約定若截至結(jié)算之日止，被告收到的總房款（包括原告已支付的定向開發(fā)定金、定向開發(fā)購房款和被告實際收取的定向開發(fā)小戶型普通商品房房款）高于原告需支付的定向開發(fā)商品房總價款時，被告應(yīng)于結(jié)算之日起5個工作日內(nèi)將超出部分的購房款足額返還給原告，未依約返還的，每逾期一日，應(yīng)按到期應(yīng)付款額的萬分之一向原告支付違約金。嗣后，經(jīng)原被告雙方共同確認(rèn)，被告就國信馨園項目實際收取的購房款遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過協(xié)議約定原告所需支付的定向開發(fā)商品房總價款，超出金額為人民幣1261.1347萬元。其后，雖經(jīng)原告多次催索，被告并未履行上述多付購房款的返還義務(wù)，亦未配合原告辦理未售商品房的權(quán)屬變更登記手續(xù)。為維護(hù)原告的合法權(quán)益，故提起訴訟。
國信公司辯稱，1、2014年11月12日，被告致函原告開展對賬結(jié)算工作，但至今雙方未完成結(jié)算工作。被告已向原告支付73023734元，被告剩余待支付款項為8265923.1元，待與原告結(jié)算確認(rèn)后支付。因雙方未完成結(jié)算工作，被告應(yīng)返還金額尚不確定，被告不應(yīng)就此承擔(dān)違約責(zé)任。2、依照原被告簽訂的《定向開發(fā)小戶型普通商品房項目協(xié)議書》，開發(fā)小戶型普通商品房買受人必須為原告負(fù)責(zé)拆遷范圍內(nèi)的被拆遷戶。在未銷售完畢時，原告僅對剩余定向開發(fā)小戶型普通商品房享有實質(zhì)控制權(quán)，無權(quán)與被告簽訂商品房買賣合同，無權(quán)主張被告協(xié)助辦理權(quán)屬變更登記手續(xù)。故請求法院依法駁回原告的全部訴訟請求。
國信公司向本院提出反訴請求：1判令原告向被告支付違約金1590163.94元（按應(yīng)支付款項逾期每日萬分之一的標(biāo)準(zhǔn)，暫計至2009年11月13日）；2判令原告承擔(dān)全部反訴費用。原、被告于2007年12月19日簽訂《定向開發(fā)小戶型普通商品房項目協(xié)議書》，根據(jù)約定，原告應(yīng)當(dāng)在2007年12月20日向被告支付定金人民幣23310000元。實際上，原告遲延支付定金，違反約定，應(yīng)向被告支付違約金234706元。根據(jù)約定，原告應(yīng)當(dāng)在項目竣工驗收之日起30日內(nèi)，指定中介公司進(jìn)行核算審計，并據(jù)此確定最終定向開發(fā)銷售價格，在30日內(nèi)與被告對定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款進(jìn)行結(jié)算，并在結(jié)算之日起5個工作日內(nèi)將差額款項支付給被告。原告應(yīng)支付總房款115412413.95元（3534.58元每平方米?32652.37平方米），應(yīng)從2009年3月18日后按照逾期應(yīng)支付款項每日萬分之一的標(biāo)準(zhǔn)向被告支付違約金。
土地中心對國信公司的反訴辯稱，被告的反訴請求已過訴訟時效，不應(yīng)支持。根據(jù)雙方就訴爭項目簽訂的定向開發(fā)協(xié)議書，第4.2條約定原告應(yīng)在被告就訴爭項目取得預(yù)售許可證之日起十個工作日內(nèi)支付購房定金2331萬元，被告于2007年12月10日取得訴爭項目的預(yù)售許可證，按照協(xié)議約定，原告最遲應(yīng)予2007年12月20日支付完畢購房定金，但原告卻于2008年4月24日方才支付完畢上述款項，原告遲延支付上述款項至今七年有余，在七年多的時間內(nèi)，被告從未向原告提出任何要求支付違約金的權(quán)利主張，其反訴請求早已超過訴訟時效，不應(yīng)得到支持。
當(dāng)事人圍繞訴訟請求依法提交了證據(jù)，本院組織當(dāng)事人進(jìn)行了證據(jù)交換和質(zhì)證。對當(dāng)事人無異議的證據(jù)，本院予以確認(rèn)并在卷佐證。根據(jù)當(dāng)事人陳述和經(jīng)審查確認(rèn)的證據(jù)，本院認(rèn)定事實如下：2007年12月19日，土地中心（乙方）與國信公司（甲方）就位于漢陽區(qū)××號“國信馨園”小戶型普通商品房項目的定向開發(fā)事宜簽訂《定向開發(fā)小戶型普通商品房項目協(xié)議書》，該協(xié)議書第一條約定：“買受人”是指乙方負(fù)責(zé)實施拆遷范圍內(nèi)的被拆遷戶?！岸ㄏ蜷_發(fā)銷售價格”是指按本協(xié)議約定的，乙方向甲方結(jié)算時，所依據(jù)的小戶型普通商品房銷售價格。第四條約定：4.2甲方在取得本協(xié)議定向開發(fā)普通商品房建設(shè)項目預(yù)售許可證之日起10個工作日內(nèi)，乙方向甲方銀行賬戶轉(zhuǎn)付人民幣2331萬元，作為定向開發(fā)定金，該定金可依次沖抵乙方應(yīng)支付給甲方的定向開發(fā)商品房總房款。4.3雙方約定“國信馨園”小戶型普通商品房項目中的以下商品住宅約32977.57平方米、387套，由甲方向乙方指定的拆遷戶進(jìn)行定向銷售。第五條約定：5.1.（1）甲乙雙方確定的定向開發(fā)銷售價格按照開發(fā)成本加上6.5%利潤的原則確定，（2）開發(fā)成本在項目竣工驗收之日起30日內(nèi)，由乙方指定甲方認(rèn)可的具有相關(guān)資質(zhì)的中介公司進(jìn)行核算審計；目前，根據(jù)湖北海清工程造價咨詢有限公司出具的《關(guān)于“國信馨園”商品房成本預(yù)算審計報告》，預(yù)算開發(fā)成本為每平方米人民幣3318.85元；（3）甲乙雙方初步確定的定向開發(fā)銷售價格為每平方米人民幣3534.58元，按此價格計算，本協(xié)議定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款約為11656.2萬元；最終定向開發(fā)銷售價格以竣工驗收后的核算結(jié)果為準(zhǔn)，乙方可根據(jù)需要，隨時提出將上述初步確定的定向開發(fā)銷售價格即每平方米人民幣3534.58元，作為最終的定向開發(fā)銷售價格，甲方對此表示認(rèn)可；5.2買受人與甲方簽訂《商品房買賣合同》中的實際銷售價格，由乙方根據(jù)上述定向開發(fā)銷售價格并考慮乙方在定向銷售過程中發(fā)生的財務(wù)、管理費用及不可預(yù)見等費用后確定一個基數(shù)，并由甲方考慮房屋結(jié)構(gòu)、樓層、朝向等調(diào)節(jié)因素提出單套住宅售價的詳細(xì)價格，經(jīng)乙方認(rèn)可后最終確定；乙方確定的本協(xié)議定向開發(fā)小戶型普通商品房的實際銷售價格高于定向開發(fā)銷售價格的，高出部分所產(chǎn)生的營業(yè)稅由乙方在本協(xié)議定向開發(fā)小戶型普通商品房全部銷售完畢之日起30日內(nèi)，向甲方支付。第六條約定：6.2.（1）由乙方指定的買受人與甲方簽訂《商品房買賣合同》，《商品房買賣合同》中約定的合同價款須嚴(yán)格執(zhí)行經(jīng)乙方確認(rèn)的定向開發(fā)小戶型普通商品房實際銷售價格，付款進(jìn)度按照正常商品房買賣合同的約定支付，所銷售的房屋價款（包括首付、按揭貸款和公積金貸款）全部進(jìn)入甲方開設(shè)的賬戶；（2）自“國信馨園”項目竣工驗收完畢具備交房條件，且項目定向開發(fā)銷售價格最終確定之日起30日內(nèi)，甲乙雙方應(yīng)分別對定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款進(jìn)行結(jié)算；乙方應(yīng)支付給甲方的定向開發(fā)小戶型普通商品房的總房款為：最終確定的定向開發(fā)銷售價格?定向開發(fā)銷售小戶型普通商品房實測總建筑面積，此價款可用乙方已支付的定向開發(fā)定金和甲方實際收取的定向開發(fā)小戶型普通商品房房款（已支付的首付款、未收到的按揭貸款和公積金貸款均視為甲方已收取的房款）抵扣；如截至結(jié)算之日甲方所收到的總房款與定向開發(fā)定金之和高于乙方需支付給甲方的定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款時，則甲方應(yīng)于結(jié)算之日起5個工作日內(nèi)將差價劃轉(zhuǎn)到乙方指定的銀行賬戶；如截至結(jié)算之日甲方所收到的總房款與定向開發(fā)定金之和低于乙方需支付給甲方的定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款時，則乙方應(yīng)于結(jié)算之日起5個工作日內(nèi)將差價支付給甲方；（3）在甲乙雙方對定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款結(jié)算之日起，如仍有部分定向開發(fā)小戶型普通商品房尚未銷售完畢的，甲方須協(xié)助乙方在房產(chǎn)管理部門辦理相關(guān)手續(xù)，確保乙方對剩余定向開發(fā)小戶型普通商品房的實質(zhì)控制權(quán)，并應(yīng)繼續(xù)負(fù)責(zé)剩余定向開發(fā)小戶型普通商品房的銷售工作，直至按乙方要求全部銷售完畢；剩余定向開發(fā)小戶型普通商品房的銷售房款（包括按揭貸款和公積金貸款），由甲方代收，并于每月第一個工作日按實收金額全部轉(zhuǎn)入乙方賬戶。第七條約定：甲方有權(quán)按照本協(xié)議約定收取定向開發(fā)定金和售房款，并應(yīng)按約定向乙方撥付超出定向開發(fā)小戶型普通商品房總價款的售房款；甲方應(yīng)在辦理完小戶型普通商品房項目竣工驗收之日起30日內(nèi)，積極配合決算審計工作并提供所需的各種工程、管理、財務(wù)原始單據(jù)資料，以便確定最終的定向開發(fā)銷售價格，并盡早完成甲乙雙方關(guān)于總房價款的財務(wù)結(jié)算工作；乙方應(yīng)按本協(xié)議約定向甲方支付定向開發(fā)定金和定向開發(fā)小戶型普通商品房總價款的不足部分，并有權(quán)收回超出定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款的售房款；在甲方銷售乙方定向開發(fā)小戶型普通商品房時，實際銷售價格可能超出定向開發(fā)銷售價格，乙方應(yīng)配合甲方向稅務(wù)部門出具相關(guān)證明，明確甲方在本協(xié)議定向開發(fā)房源的利潤僅為6.5%；雙方還對其它權(quán)利義務(wù)進(jìn)行了約定。第八條約定：甲方應(yīng)于本協(xié)議簽訂之日起20日內(nèi)取得項目預(yù)售許可證。甲方應(yīng)于2008年12月30日前確保項目綜合竣工驗收完畢并達(dá)到交付使用條件。第九條約定：甲方未按本協(xié)議書約定向乙方退還超出定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款的售房款的，每逾期一日，按應(yīng)付款額的萬分之一向乙方支付違約金。乙方未按本協(xié)議書約定向甲方支付定向開發(fā)小戶型普通商品房定金或總價款的不足部分的，每逾期一日，按應(yīng)付款額的萬分之一向甲方支付違約金。如逾期6個月仍未支付，甲方有權(quán)解除本協(xié)議書，并由乙方承擔(dān)因此給甲方造成的全部經(jīng)濟(jì)損失。乙方違反7.2條第三款約定（即在甲方銷售乙方定向開發(fā)小戶型普通商品房時，實際銷售價格可能超出定向開發(fā)銷售價格，乙方應(yīng)配合甲方向稅務(wù)部門出具相關(guān)證明，明確甲方在本協(xié)議定向開發(fā)房源的利潤僅為6.5%），則乙方應(yīng)據(jù)實賠償因此給甲方造成的直接經(jīng)濟(jì)損失。協(xié)議書還對其它事項進(jìn)行了約定。國信公司、土地中心在以上協(xié)議上簽字捺印。
土地中心于2007年12月28日向國信公司支付定向開發(fā)定金5,000,000元，又于2008年4月24日向國信公司支付定向開發(fā)定金18,310,000元。
2009年2月11日，國信公司取得了漢陽區(qū)××號的武漢市商品房項目竣工交付使用備案證。
土地中心于2009年4月2日、6月2日、8月28日分三筆共向國信公司支付房款50,000,000元。
2010年3月3日，土地中心向國信公司發(fā)出聯(lián)系函，明確以《定向開發(fā)小戶型普通商品房項目協(xié)議書》中確定的定向開發(fā)銷售單價3534.58元每平方米作為與國信公司的定向回購價格，以此價格辦理回購房資金結(jié)算手續(xù)。次日，國信公司收到該聯(lián)系函，對此未提出異議。
2014年11月12日，國信公司向土地中心發(fā)出回函，回函載明：“收到貴中心送達(dá)的‘國信馨園’項目催款函及《審計報告》征求意見稿，我公司高度重視，安排專人對相關(guān)內(nèi)容進(jìn)行了認(rèn)真仔細(xì)的核對，反饋如下：我公司收到貴中心定向開發(fā)定金人民幣23,310,000元及房源回購資金人民幣50,000,000元，我公司實際已返還人民幣68,000,000元（其中7筆人民幣58000000元未開收據(jù)），余人民幣5,310,000元應(yīng)返還，剩余兩套未安置回購房價值人民幣578,610.75元，貴中心應(yīng)支付我司，相抵后應(yīng)結(jié)算定價內(nèi)房款人民幣4,731,389.25元。經(jīng)計算，我司認(rèn)為貴中心應(yīng)付我司違約金及利息人民幣3,018,404.7元。我公司確認(rèn)已售‘國信馨園’項目回購房385套，實際收取溢價房款人民幣12,586,152.79元。溢價房款應(yīng)扣除我司替貴中心墊付的空置房物業(yè)管理費、營業(yè)稅金及附加、土地增值稅、所得稅及扣除股東投入資金占用費等。待雙方確認(rèn)及商議支付方式后再行結(jié)算。自2010年開始稅務(wù)機關(guān)入駐我司稽查該項目，我司積極與貴中心聯(lián)系敦促雙方進(jìn)行結(jié)算，但貴中心因房源未安置完及人員機構(gòu)調(diào)整等原因，未能與我司結(jié)算。值此次貴中心來函，我司深感欣慰，我司懇請貴中心立即啟動下一步的對賬工作，我司將積極與貴中心保持聯(lián)系，爭取早日完成項目結(jié)算工作?！?br/>國信公司提交的結(jié)算說明中載明：國信公司確認(rèn)已售“國信馨園”項目386套，銷售面積32571.38平方米，實際已收客戶銷售房款127,737,496.23元，其中定價內(nèi)房款115,126,148.31元，溢價房款12,611,347.92元，尚有1套房源未安置，面積80.99平方米，溢價房款應(yīng)扣除回購房空置物業(yè)費、土地使用稅、土地增值稅、營業(yè)稅金及附加、印花稅、企業(yè)所得稅后余款8,265,923.1元待雙方確認(rèn)及商定方式后結(jié)算。
國信公司于2008年11月1日前實收房款9,679,552元，2010年4月4日前實收房款75,768,341元，2010年5月1日實收房款12,724,934元，同年5月26日向土地中心返還房款10,000,000元；2010年6月1日實收房款10,118,862元，同年6月25日向土地中心返還房款10,000,000元；2010年7月1日實收房款6,949,265元，同年7月3日向土地中心返還房款25,000,000元、2010年8月1日實收房款3,645,794元，同年8月3日向土地中心返還房款10,000,000元、2010年9月1日實收房款2,786,328元，同年9月19日向土地中心返還房款5,000,000元；2010年10月1日實收房款1,158,894元，同年10月15日向土地中心返還房款5,000,000元；2010年11月1日實收房款514,375元，2011年1月1日實收房款247,462元，同年1月18日向土地中心返還房款2,000,000元；2011年4月1日實收房款1,003,376元；2011年5月12日向土地中心返還房款1,000,000元；2011年9月1日實收房款976,664元，10月1日實收房款753,953元；2012年2月1日實收房款495,745元，3月1日實收房款253,483元，8月1日實收房款342,928元，2014年12月12日向土地中心返還房款4,000,000元、2015年1月21日向土地中心返還房款731,389.25元、2015年4月1日實收房款317,540元，4月9日向土地中心返還房款292,345.11元，綜上，國信公司定向銷售商品房386套、面積共計32751.38平方米、實收房款共計127,737,496.23元，尚有一套房源（房號9-2-0102，面積80.99平方米）未安置，國信公司共計向土地中心返還11筆房款總計73,023,734.36元。
2017年1月10日，湖北圣源會計師事務(wù)有限公司出具了關(guān)于《定向開發(fā)“國信馨園”小戶型普通商品房項目財務(wù)結(jié)算專項審核報告》的說明，主要內(nèi)容：2014年8月25日至2014年9月5日，我公司審計小組進(jìn)點國信公司對“國信馨園”小戶型普通商品房項目（以下簡稱“國信馨園項目”）截止2014年9月5日的定向銷售及資金結(jié)算情況進(jìn)行了審核，并于2014年9月28日出具審計報告。審計情況及相關(guān)期后事項說明如下：審核結(jié)論：經(jīng)審核，截至2014年9月5日國信馨園項目387套房源，共安置銷售385套，兩套房源尚未安置。實際收取銷售房款127,419,956元，與回購房款114,833,803.21結(jié)算差額為12,586,152.79元。土地中心國信馨園項目房源銷售結(jié)算差額應(yīng)承擔(dān)的稅金727,036.38元。國信公司未按協(xié)議約定返還土地中心國信馨園項目銷售房款應(yīng)承擔(dān)的違約金為3,033,082.59元。審計報告意見的反饋情況。2014年11月13日，國信公司向土地中心提交了《關(guān)于對湖北圣源會計師事務(wù)有限公司〈定向開發(fā)“國信馨園”小戶型普通商品房項目財務(wù)結(jié)算專項審核報告〉（征求意見稿）的審核意見》的回函，回函僅對稅費（不含營業(yè)稅及附加）提出異議，對應(yīng)付土地中心的銷售房款及違約金無異議。二、期后事項說明：審計截止日后至2017年1月10日，國信公司分三筆返還土地中心銷售房款共計5,023,734.36元，并安置銷售房源一套，房號4-2-0203，實測面積82.71平方米，銷售收款317,540元。截至2017年1月10日，土地中心“國信馨園”項目387套房源，共安置銷售386套，尚有一套房源未安置（房號9-2-0102，實測面積80.99平方米）。土地中心應(yīng)收國信公司“國信馨園”項目結(jié)算款16,058,339.83元，其中：應(yīng)收銷售房款12,611,347.69元（銷售房款127,737,496元與約定回購房款115,126,148.31元的結(jié)算差額）、違約金4,175,464.63元，應(yīng)付國信公司代墊中心房款結(jié)算差額稅金728,472.49元。
土地中心、國信公司就回購房款返還事宜協(xié)商未果，土地中心起訴來院。本案在審理過程中，經(jīng)人民法院主持調(diào)解，雙方未能達(dá)成一致協(xié)議。

本院認(rèn)為，土地中心與國信公司簽訂的《定向開發(fā)小戶型普通商品房項目協(xié)議書》系雙方的真實意思表示，未違反法律的禁止性規(guī)定，合法有效，應(yīng)受法律保護(hù)，雙方均應(yīng)當(dāng)按照約定全面履行自己的義務(wù)。協(xié)議約定定向開發(fā)小戶型普通商品房建筑面積約32977.57平方米、387套。實際上，定向開發(fā)小戶型普通商品房實測面積為32652.37平方米、387套，國信公司定向銷售建筑面積為32571.38平方米、386套，實收房款127,737,496元?！皣跑皥@”項目于2009年2月11日取得竣工交付使用備案證，國信公司于2010年3月4日收到土地中心確定以定向開發(fā)銷售單價3,534.58元每平方米作為回購房價格的聯(lián)系函，根據(jù)協(xié)議第五條5.1.（3）約定，雙方最終確定項目定向開發(fā)銷售價格3534.58元每平方米的時間為2010年3月4日，根據(jù)協(xié)議書第六條6.2.（2）約定，雙方應(yīng)在2010年4月4日前分別對定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款進(jìn)行結(jié)算，此時，土地中心應(yīng)支付國信公司總房款為115,412,413.95元（3,534.58元每平方米*32652.37平方米），此價款可用土地中心已支付的定向開發(fā)定金23,310,000元和國信公司實際收取的房款158,757,893元（買受人支付的房款85,447,893元+土地中心支付的房款50,000,000元）抵扣，國信公司收到的總房款與定向開發(fā)定金之和已高于土地中心應(yīng)支付的總房款，國信公司應(yīng)于結(jié)算之日起5個工作日內(nèi)（最遲時間為2010年4月10日）將差價43,345,479.05元劃轉(zhuǎn)到土地中心指定的銀行賬戶。但國信公司未按約定向土地中心支付該差價部分，截至2010年4月10日，國信公司欠付土地中心43,345,479.05元。故國信公司反訴土地中心支付違約金的訴訟請求中，要求土地中心從2009年3月18日后按照逾期應(yīng)支付款項115,412,413.95元每日百分之一的標(biāo)準(zhǔn)向其支付違約金的部分，本院不予支持。依協(xié)議書第四條4.2約定，土地中心應(yīng)于2007年12月20日向國信公司支付定金23,310,000元，土地中心實際于2008年4月24日支付完畢，國信公司沒有證據(jù)證明其此后向土地中心主張過違約金，故其要求土地中心支付該筆定金的違約金的訴訟請求，已超過法律規(guī)定的訴訟時效，本院不予支持。2010年4月10日后，國信公司繼續(xù)負(fù)責(zé)剩余商品房的銷售，從2010年5月1日至2015年4月1日，國信公司實際代收房款42,289,603元，但未按協(xié)議第六條6.2.（3）約定于每月第一個工作日將實際金額全部轉(zhuǎn)入土地中心賬戶。國信公司于2010年5月26日至2015年4月9日陸續(xù)向土地中心返還房款73,023,734.36元，但2015年4月9日后未再返還房款，共欠付土地中心房款12,611,347元（43,345,479.05元+42,289,603元-73,023,734.36元），故國信公司應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)違約責(zé)任，考慮到國信公司在2015年4月9日前均有返還房款，仍在履行協(xié)議約定，故逾期付款違約金的起算時間從2015年4月10日計算較為妥當(dāng)。至今，“國信馨園”項目剩余1套房源（房號9-2-0102，實測面積80.99平方米）未銷售。雙方在協(xié)議書第六條6.2（3）約定，在雙方對定向開發(fā)小戶型普通商品房總房款結(jié)算之日起，如仍有部分定向開發(fā)小戶型普通商品房尚未銷售完畢的，甲方須協(xié)助乙方在房產(chǎn)管理部門辦理相關(guān)手續(xù)，確保乙方對剩余定向開發(fā)小戶型普通商品房的實質(zhì)控制權(quán)，對于至今未銷售的房源（房號9-2-0102，實測面積80.99平方米），為保證土地中心對其的實質(zhì)控制權(quán)，國信公司應(yīng)協(xié)助土地中心在房產(chǎn)管理部門辦理過戶手續(xù)。根據(jù)協(xié)議書第五條5.2“土地中心確定的本土協(xié)議定向開發(fā)小戶型普通商品房的實際銷售價格高于定向開發(fā)銷售價格的，高出部分所產(chǎn)生的營業(yè)稅由土地中心在本協(xié)議定向開發(fā)小戶型普通商品房全部銷售完畢之日起30日內(nèi)向國信公司支付”之約定，土地中心只承擔(dān)房款高出部分（127,737,496元-115,126,148.31元）產(chǎn)生的營業(yè)稅，故國信公司主張未結(jié)算房款12,611,347元中應(yīng)扣除其墊付的未安置房物業(yè)費、未安置房應(yīng)納土地使用稅、土地增值稅及附加、印花費、企業(yè)所得稅的抗辯意見，本院不予采信。依照《中華人民共和國合同法》第四十四條、第六十條、第一百零七條、《中華人民共和國民事訴訟法》第一百四十二條的規(guī)定，判決如下：

一、武漢國信房地產(chǎn)發(fā)展有限公司于本判決生效之日起十五日內(nèi)向武漢市土地整理儲備中心返還超收的定向開發(fā)小戶型普通商品房房款12,611,347元；
二、武漢國信房地產(chǎn)發(fā)展有限公司于本判決生效之日起十五日內(nèi)以日萬分之一的標(biāo)準(zhǔn)向武漢市土地整理儲備中心支付逾期付款違約金（以12,611,347元為本金，計算時間自2015年4月10日起至本判決生效之日止）；
三、武漢國信房地產(chǎn)發(fā)展有限公司應(yīng)于本判決生效之日起十五日內(nèi)協(xié)助武漢市土地整理儲備中心在房產(chǎn)管理部門辦理房號為9-2-0102，實測面積80.99平方米房屋的過戶手續(xù)；
四、駁回武漢市土地整理儲備中心的其他訴訟請求；
五、駁回武漢國信房地產(chǎn)發(fā)展有限公司的反訴請求。
如果未按本判決指定的期間履行給付金錢義務(wù)，應(yīng)當(dāng)依照《中華人民共和國民事訴訟法》第二百五十三條之規(guī)定，加倍支付遲延履行期間的債務(wù)利息。
本訴案件受理費120,001元及保全費5,000元由武漢國信房地產(chǎn)發(fā)展有限公司承擔(dān)承擔(dān)，此款武漢市土地整理儲備中心已交納，武漢國信房地產(chǎn)發(fā)展有限公司于本判決生效之日起十五日內(nèi)將應(yīng)承擔(dān)的款項直接支付給武漢市土地整理儲備中心。反訴受理費9,556元由武漢國信房地產(chǎn)發(fā)展有限公司承擔(dān)（已交納）。
如不服本判決，可以在判決書送達(dá)之日起十五日內(nèi)，向本院遞交上訴狀，并按對方當(dāng)事人的人數(shù)或者代表人的人數(shù)提出副本，上訴于湖北省武漢市中級人民法院。

審　判　長　　葉凌芳 人民陪審員　　周洪元 人民陪審員　　李曉霞

書記員：劉朝